1976年2月应征入伍，历任调度员、副主任、主任、副处长、处长；

1995年10月，任新疆民航局副局长（新疆航空公司副总经理）、党委常委；

1979年至1995年，历任民航乌鲁木齐管理局（中国新疆航空公司）调度室见习调度员、调度员、副主任、主任、航行气象安监处副处长、党委副书记、处长；

1995年09月，任民航乌鲁木齐管理局（中国新疆航空公司）党委常委、副总经理、副局长；

1998年08月，任民航乌鲁木齐管理局（中国新疆航空公司）党委书记、副总经理、副局长；

2000年11月，任中国南方航空股份有限公司副董事长、总经理、党委副书记；

2002年10月，任中国南方航空集团公司副总经理、党组成员、中国南方航空股份有限公司副董事长、总经理、党委副书记。

2004年08月，任中国民用航空总局副局长、党委委员。

2008年03月，任中国民用航空局副局长（副部长级）、党组成员。

2008年03月，任中国民用航空局副局长、党组成员（副部长级），兼任局直属机关党委书记、全国民航工会主席；

2011年10月，任中国航空集团公司总经理、党组副书记、国航股份公司董事长；

2014年01月，任交通运输部副部长、党组成员。

2016年02月，任中国南方航空集团公司总经理、党组副书记

2016年12月-2020年11月，任中国南方航空集团公司董事长、党组书记。

第十二届全国人大代表，十二届广东省委委员，党的十九大代表，第十三届全国政协常委。

2016年12月6日下午，中国南方航空集团公司召开中层以上管理人员大会。受中央组织部领导委托，中央组织部有关干部局负责同志宣布了党中央、国务院关于中国南方航空集团公司主要领导调整的决定：按照加快建立中国特色现代国有企业制度的有关精神，中国南方航空集团公司建立董事会。王昌顺同志任董事长、党组书记，免去其总经理职务。

2018年1月24日，政协第十二届全国委员会常务委员会第二十四次会议通过，王昌顺当选中国人民政治协商会议第十三届全国委员会委员。

2020年11月11日下午，中国南方航空集团有限公司召开中层以上管理人员大会。中央组织部有关负责人宣布了党中央关于中国南方航空集团有限公司主要负责人调整的决定：免去王昌顺的中国南方航空集团有限公司董事长、党组书记职务。